До складу Житомирського НДЕКЦ МВС України входить 6 відділів:

  • Відділ криміналістичних видів досліджень:
    • сектор досліджень зброї;
    • сектор балістичного обліку;
    • сектор дактилоскопічних досліджень;
    • сектор дактилоскопічного обліку;
    • сектор трасологічних досліджень;
    • сектор трасологічного обліку;
    • сектор почеркознавчих досліджень, технічного дослідження та обліку.
  • Відділ комп'ютерно-технічних та телекомунікаційних досліджень
  • Сектор досліджень у сфері інформаційних технологій
  • Відділ дослідження матеріалів, речовин і виробів:
    • сектор фізико-хімічних досліджень;
    • сектор дослідження наркотичних засобів, психотропних речовин, їх аналогів та прекурсорів.
  • Сектор біологічних досліджень та обліку
  • Відділ автотехнічних досліджень та криміналістичного дослідження транспортних засобів:
    • сектор криміналістичного дослідження транспортних засобів і реєстраційних документів, що їх супроводжують;
    • сектор автотехнічних досліджень.
  • Відділ товарознавчих, гемологічних, економічних, будівельних, земельних досліджень та оціночної діяльності:
    • сектор товарознавчих гемологічних досліджень;
    • сектор автотоварознавчих досліджень;
    • сектор економічних досліджень;
    • сектор будівельних, земельних досліджень та оціночної діяльності.
  • Сектор вибухотехнічних та пожежотехнічних досліджень
  • Відділ  забезпечення діяльності центру:
    • сектор матеріально-технічного забезпечення.