До складу Житомирського НДЕКЦ МВС України входить 5 відділів:

  • відділ  забезпечення діяльності центру.
  • відділ криміналістичних видів досліджень (проводить наступні дослідження):
    • дактилоскопічні;
    • трасологічні;
    • холодної зброї;
    • балістичні;
    • техніко-криміналістичне дослідження документів;
    • почеркознавчі;
    • ототожнення особи за рисами зовнішності (портретні);
    • комп’ютерно-технічні;
    • інтелектуальної власності.
  • відділ дослідження матеріалів, речовин і виробів (проводить наступні дослідження):
    • наркотичних засобів, психотропних речовин, їх аналогів та прекурсорів, сильнодіючих і отруйних речовин;
    • спеціальних хімічних речовин;
    • нафтопродуктів та пально-мастильних матеріалів;
    • спиртовмісних сумішей;
    • вибухових пристроїв, продуктів вибуху та пострілу.
  • відділ інженерних, економічних, товарознавчих видів досліджень та оціночної діяльності (проводить наступні дослідження):
    • автотехнічні: обставин і механізму дорожньо-транспортних пригод, технічного стану транспортних засобів, транспортно-трасологічних;
    • криміналістичне дослідження транспортних засобів і реєстраційних документів, що їх супроводжують;
    • автотоварознавчі, в тому числі визначення розміру збитків завданих власникам транспортних засобів;
    • товарознавчі.
  • відділ вибухотехнічних і пожежо-технічних видів досліджень (проводить наступні дослідження):
    • вибухотехнічні (вибухових пристроїв та обставин і механізму вибуху), в тому числі дослідження піротехнічних засобів;
    • пожежно-технічні (обставин виникнення та розвитку пожеж і дотримання вимог пожежної безпеки);
    • вибухових пристроїв, продуктів вибуху та пострілу.